Há uma técnica simples que evita que um pen drive dissemine vírus. Basta criar na raiz do pen drive uma pasta (isso mesmo, uma pasta) chamada autorun.inf. Desse modo, o vírus não poderá ser criado.
Para reforçar, outra opção é o ClamWin Free Antivirus que é um antivírus portátil ideal para pendrive.